JAISTは各分野から平均的に授業をとらなければならないのに対し、NAISTはそのあたりはかなりフリーらしい。また、JAISTでいうところの副テーマという制度はNAISTにはないようだ。副テーマは所属する研究室以外に別の分野の研究室に属して学習をするというもの。内容は研究室によって様々で、なかにはWinnyのトラフィックの研究とかをやっているところもある。
しかし、最も大きな違いは研究配属の時期だろう。NAISTは入学してすぐ配属が行われ、ほぼ希望通り入ることができる。そして、早い段階から輪講などが行われ専門学習が開始される。JAISTは逆に入学してもしばらくは仮配属のままで、自分のやりたい研究をじっくり見つけることができるのが大きな特徴だといえる。ただ、２年しかないためすぐに就職活動の時期を迎えるので、研究があまりできないという問題もあり、JAISTではまともな研究をやりたければ、博士後期課程（いわゆるドクター）に進むべきだという考え方が一般的だ。
NAISTは研究開始が早いのでいいかもしれない。JAISTは授業で良い成績を取らないと望み通りの研究室に配属されないという問題もあり、より厳しい環境にある。
